ejhaMadrasah Tsanawiyah Mambaul Ulum Margoyoso didirikan pada tahun 1976 oleh tiga orang pendiri yaitu H. Abdul Ghofur, Syamsuddin dan Soekarno. Pada awal pendiriannya, madrasah ini bernama Madrasah Tsanawiyah Gunung Batu dan pada tahun 1989 diubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Mambaul Ulum. Pada awalnya madrasah ini menumpang di berbagai tempat hingga beberapa tahun kemudian memiliki bangunan sederhana sendiri. Kemudian, pada tahun 1997 memperoleh “Piagam Pendirian Madrasah Swasta” dengan SK Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Nomor : WH/6/PP.00.5/98/1997 tanggal 8 April 1997 dengan Nomor Statistik Madrasah (NSM) 21218104069). Pada tahun 2004 madrasah ini telah terakreditasi dan mendapat nilai Akreditasi B.
Madrasah Tsanawiyah Mamba'ul Ulum Margoyoso didirikan di atas tanah seluas + 2340 M2 terletak di dekat Pasar Gunung Batu Margoyoso Kecamatan Sumberejo Tanggamus, terletak dalam kompleks Pesantren Bahrul Ulum, yang di dalamnya terdapat Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah, Taman Pendidikan Al-Quran, dan Madrasah Salafiyah. Di tengah-tengah kompleks terdapat Masjid Jami Desa Margoyoso Kecamatan Sumberejo Tanggamus.
Pada saat pertama didirikan, madrasah ini menerima siswa sejumlah 25 siswa. Kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di Madrasah Ibtidaiyah Mathlaul Anwar Sumebr Agung Margodadi Kecamatan Sumberejo. Baru pada tahun 1980 pindah ke gedung sendiri di Margoyoso. Madrasah Tsanawiyah Mambaul Ulum Margoyoso berada di bawah Yayasan Pendidikan Mambaul Ulum (YAPIMU) yang dikukuhkan melalui Akta Notaris Imran Ma’ruf No. 10 Tahun 1996. Yayasan ini memiliki Pondok Pesantren, Madrasah Salafiyah, Madrasah Tsanawiyah, dan Madrasah Aliyah serta Taman Pendidikan Al-Qur’an (TPA). Yayasan ini didirikan dengan tujuan menyelenggarakan pendidikan Islam yang berkualitas dalam berbagai jenjang pendidikan yang terjangkau bagi masyarakat sekitar. Madrasah ini merupakan madrasah Tsanawiyah Margoyoso ini pada awalnya merupakan madrasah satu-satunya yang ada di wilayah Kecamatan Sumberjo.
Adapun kepala Madrasah yang pernah memimpin madrasah ini adalah sebagai berikut :
1. Tahun 1976 – 1987 : Anwar Zawawi
2. Tahun 1987 – 1992 : H. Abdul Ghafur
3. Tahun 1992 – 2003 : Soekarno
4. Tahun 2003 – 2008 : Fajar, A.Md
5. Tahun 2008- sekarang : Kuszaini, S.Pd.I
